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軍團菌初篩包括平板生長試驗、革蘭染色鏡檢，生化試驗。

（1）平板生長試驗

將可疑菌株接種到BCYE和BCYE-CYS（或血平板）兩種培養(yǎng)基上。觀察菌株生長情況。（軍團菌不在BCYE-CYS或血平板上生長）。在BCYE培養(yǎng)基上生長，可能為軍團菌。而在BCYE-CYS（或血平板）兩種培養(yǎng)基均生長者不是軍團菌。

（2）革蘭染色鏡檢

軍團菌是革蘭染色陰性，淺紅色的短桿菌，直徑0.3μm～0.5μm，長約1.2μm～5μm或更長，菌體一端有鞭毛，長時間培養(yǎng)后鞭毛可能變成長絲狀。

（3）生化試驗

①觸酶試驗

挑取一環(huán)（10μL）BCYE瓊脂上對數生長期的細菌，于潔凈玻片上，加1滴新鮮配制的3%的過氧化氫溶液覆蓋細菌。如果30s內冒出氣泡，則表示此細菌含有觸酶，屬于陽性反應。超過30s為陰性。

②馬尿酸水解試驗

將待鑒定菌株，于1%馬尿酸鈉溶液中，制成2.0麥氏濃度（10⁸CFU/mL）菌懸液，于36℃±1℃，2.5%～5%CO₂培養(yǎng)箱培養(yǎng)2h后，沿管壁加入3.5%水合印三酮試劑，觀察顏色變化。如果15min內，溶液出現藍紫色至深紫色變化，為陽性反應。溶液無顏色變化或15min后出現顏色變化為陰性。

軍團菌生化特性相對來說不明顯，一般觸酶（+），水解馬尿酸（+）。

綜上所述，在BCYE培養(yǎng)基上生長，而在BCYE-CYS（或血平板）上不生長者，如果鏡下形態(tài)為淺紅色的短桿狀或絲狀，觸酶（+），水解馬尿酸（+），可考慮該菌為高度可疑軍團菌。

軍團菌的生化特性相對不明顯，生化試驗鑒定結果僅作參考。除了上述傳統(tǒng)方法，也可以通過微生物質譜、特異基因PCR檢測、16sRNA基因測序的方法進行鑒定。