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多位點序列分型（MLST）是一種基于核酸序列測定的細菌分型方法，通過PCR擴增多個管家基因內(nèi)部片段，測定其序列，分析菌株的變異，從而進行分型。MLST被廣泛應(yīng)用于病原菌、環(huán)境菌和真核生物中。

MLST分析方法：MLST技術(shù)針對看家基因設(shè)計引物對其進行PCR擴增和測序，得出每個菌株各個位點的等位基因數(shù)值，然后進行等位基因圖譜(allelic profile)或序列類型(sequence types，STs)鑒定，再根據(jù)等位基因圖譜使用配對差異矩陣(matrix pair-wise differences)等方法構(gòu)建系統(tǒng)樹圖進行聚類分析。

MLST分析方案設(shè)計要素：（1）選擇經(jīng)過初步篩選的菌株；（2）選擇具有獨特特征的基因位點；（3）設(shè)計用于基因擴增和序列測定的引物。實際運用中，對于已有的成熟MLST方案的細菌，可直接從MLST數(shù)據(jù)（http://pubmlst.org/）中獲取分型方案。