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細菌的分型方法很多，常用的有血清分型、菌體分型、生化分型、脈沖場凝膠電泳(pulse field gel electropherosis,PFGE)分型、多位點序列分型(multilocus sequence typing，MLST)、多位點串聯(lián)重復序列分析(multiple locus variable number of tandem repeatanalysis，MLVA)等。許多編碼血清特異性的基因是可以水平轉移的。因此，血清型相同的菌株不一定有遺傳相關性。噬菌體分型技術在一些病原菌分析中仍然使用，但已經(jīng)不具有普遍性。

在細菌性傳染病實驗室調查中，最常用的方法是PFGE。PFGE已經(jīng)成為細菌性傳染病實驗室調查的“規(guī)定動作”。使用 PFGE方法分析不同分離菌株的相關性，可發(fā)現(xiàn)傳染源、傳播途徑的分子證據(jù)或分子信息。需要說明的是，PFGE方法提供的信息，不能用于解釋分離菌株的克隆性。

在細菌性傳染病實驗室調查中，MLST方法還沒有成為“規(guī)定動作”，但應該成為“規(guī)定動作”，特別是一些重大疫情的調查，以及需要對疫情發(fā)展趨勢進行分析的時候。這是因為 MLST方法提供的信息反映了分離菌株的克隆性、遺傳相關性。在不久的將來，也許對分離菌株的 MLST分析，就像現(xiàn)在開展的血清分型一樣，成為常規(guī)工作。以MLST分型為主、以血清型分析為補充的趨勢，已經(jīng)非常明顯。

在一些情況下，MLVA方法比 PFGE 敏感，或者和 PFGE 方法同樣敏感。因為和 MLVA方法相比，PFGE信息的獲取需要標準化的實驗室設備和操作步驟。

全基因組分析方法是發(fā)展方向，它能夠提供更全面、翔實的信息。要對每一株現(xiàn)場分離菌株進行全基因組序列分析，似乎沒有必要。但是，很有必要建立能夠代表全基因信息的分型方法。隨著基因組分析成本的下降和生物信息學分析技術的發(fā)展,這應該能夠成為現(xiàn)實。

如果我們是對一次重大的社會影響或者具有重大公共衛(wèi)生意義的細菌性傳染病疫情進行實驗室調查，PFGE、MLST、MLVA 和全基因組分析，都是應該開展的。